根據中國《傳染病防治法》（1989年發布）的規定，預防、控製和消除傳染病的發生與流行是各級醫務人員的神聖職責。因此臨床醫師在搞好臨床診斷與治療工作的同時，也應努力做好傳染病的預防工作。
傳染病預防措施可分為：①疫情未出現時的預防措施；②疫情出現後的防疫措施；③治療性預防措施。
控製傳染病最高效的方式在於防控，由於在傳染病的三個基本條件中（傳染源，傳播途徑和易感人群），缺乏任何一個都無法造成傳染病的流行，所以對於傳染病預防也主要集中在這三個方面：
1．控製傳染源：這是預防傳染病的最有效方式。對於人類傳染源的傳染病，需要及時將病人或病源攜帶者妥善的安排在指定的隔離位置，暫時與人群隔離，積極進行治療，護理，並對具有傳染性的分泌物，排泄物和用具等進行必要的消毒處理，防止病原體向外擴散。然而，如果是未知傳染源，特別是動物擔任的傳染源，由於其確定需要流行病學的因果推斷和實驗室檢測結果上得到充分的證據，有的時候並不是很容易得到確切結果，尤其是突發急性傳染病發生時，想要短時間內鎖定傳染源更是困難。不過，一旦確定傳染源後，需要及時采取高效的措施控製傳染源，以保證傳染源不會繼續將病原體向易感人群播散。
2．切斷傳播途徑：對於通過消化道傳染病、血液和體液傳播的傳染病，蟲媒傳染病和寄生蟲病等，切斷傳播途徑是最為直接的預防方式。主要方式在於對於傳播媒介阻斷，消毒或撲殺。如對於汙染了病原體的食物或飲水要進行丟棄或消毒處理，對於汙染了病原體的房間或用具要進行充分的消毒，對於一次性的醫療用品在使用後要及時進行消毒或焚燒等無害化處理，在蟲媒傳染病傳播季節采取防蚊防蟲措施等。同時，對於高危人群的健康教育幹預手段也是極為必要的，如促進靜脈註射吸毒人群對使用針具進行消毒，對會發生高危性行為的人群進行安全套使用的宣傳教育等。如今預防甲型H7N9流感病毒的方法也仍然是註意基本衛生，勤洗手，戴口罩，吃肉要煮熟——雖然是老調重彈，但仍然是切斷傳播途徑最有效的方式。
3．保護易感人群：在傳染病流行時，應當註意保護易感者，不要讓易感者與傳染源接觸，並且進行預防接種，提高對傳染病的抵抗能力。所以，保護易感人群也是傳染病預防重要組成部分，而且往往是較為容易實現的預防方法。對於已經有預防性疫苗的傳染病，給易感人群接種疫苗是最為保險的方法，如嬰兒在出生後進行的計劃免疫，對於傳染科醫生，護士，從事傳染性疾病研究的科研人員和從事禽類養殖工作的人員等接種相應的疫苗。歷史上，人們利用高效的疫苗已經成功的攻克了天花，證明對於易感人群的保護在傳染病防治上起到了重要角色。
在疫情未出現以前首要任務是做好經常性預防工作，主要內容如下：
改善飲用水條件，實行飲水消毒；結合城鄉建設，搞好糞便無害化、汙水排放和垃圾處理工作；建立健全醫院及致病性微生物實驗室的規章製度，防止致病性微生物擴散和院內感染；在醫療保健機構也應大大貫徹《食品衛生法》以及進行消毒、殺蟲、滅鼠工作。雖然上述工作主要由衛生防疫及環境監測部門牽頭執行，但臨床醫師也應積極配合。
2．預防接種（vaccination）又稱人工免疫，是將生物製品接種到人體內，使機體產生對傳染病的特異性免疫力，以提高人群免疫水平，預防傳染病的發生與流行。
3．勤洗手；洗手是預防傳染病的主要方法之一，在以下情況時應要洗手：（1）在接觸眼、口及鼻前； （2）當手被呼吸道分泌物染汙時，如打噴嚏或咳嗽後；（3）觸摸過公共對象，例如電梯扶手、升降機按鈕或門柄後；（4）處理食物及進食前；及如廁後。
正確洗手步驟：（1）開水後洗滌雙手。（2）加入皂液，用手擦出泡沫。（3）用最少二十秒時間洗擦手指、指甲四周、手掌和手背，洗擦時無須沖水。（4）洗擦後才用清水將雙手徹底沖洗幹凈。（5）用幹凈毛巾或抹手紙徹底抹幹雙手，或用幹手機將雙手吹幹。（6）雙手洗幹凈後，可以先用抹手紙包裹著水龍頭，才關上水源，不要再直接觸摸水龍頭。
4．積極參加體育運動（如跑步、打籃球、遊泳等），鍛煉身體，增強抗病能力。
